第二个案例邓某运输毒品案。这个案件中也查获了毒品，毒品是在设卡拦截检查中查到的，犯罪嫌疑人在这过程中正要逃跑，并把携带的东西给扔了。事后他说不知道里面是毒品。这个案件里争议焦点之一也是被告人主观明知的认定，即被告人是否知道运输的东西是毒品。《办理毒品犯罪案件适用法律若干问题的意见》中规定了推定被告人主观明知的八种情形。法院在该案中就主要是结合被告人在检查中逃跑、扔掉运输物品、在所仍物品中查获毒品的基础事实来推定被告人主观明知。
这两个案例给我们展示了主观明知的两种证明方式，一个是直接证明，就是被告人口供、同案犯的口供、相关证人证言、电子数据、视听资料等来证明。但是，由于毒品犯罪通常具有私下性、隐蔽性，除了口供之外的其他直接证据非常少。所以，对主观明知的直接证明主要通过口供。在通过口供来直接证明被告人主观明知时，应遵循口供自愿性规则和口供补强规则。在案例一中，就因为口供自愿性无法保障而被作为非法证据予以排除。对于被告人主观明知的另一证明方式就是间接证明。间接证明主要有事实推定、“间接证据+逻辑推理”两种方式。
《中国检察官》杂志曾经刊登过一篇文章，认为《毒品案件意见》第2条和《大连会议纪要》第10条对于被告人主观明知的规定并非是推定规则，而间接证明规则。该文认为意见和纪要中对认定主观明知的规定是对间接证明经验的总结和归纳，是对案件事实如何适用间接证据所作的规范性指引，确定的是有别于推定的间接证明。这里就需要探讨，上述规定到底是间接证明规则还是事实推定规则。事实推定本身是对案件事实的一种证明和认定机制，但它对推定事实的证明本身具有间接性，它并不直接证明推定事实，而是通过对基础事实的证明力推定出推定事实。从这个角度来讲，把它理解为间接证明是没有问题的。推定是建立在立法、司法解释或者是判例的基础上，将基础事实与推定事实之间的常态联系进行固定化，从而转化鉴定对象、降低难度。狭义的间接证明是通过间接证据来证明案件事实，通过间接证据来实现对案件事实的证明需要推理、推导，而作为推理、推导逻辑前提——经验法则，并没有通过立法、司法解释进行固定，这个时候需要阐述或者论证这种推导过程及其逻辑关系，这是事实推定与狭义间接证明的主要区别。
最后看看主观明知推定的基本结构。推定需要对基础事实进行证明与认定，其对基础事实的证明需要达到排除合理怀疑的证明标准。其次，对于可以反驳的事实推定，应当允许对方提出反驳和质疑，对于反驳事实的证明应以形成合理疑点为证明标准。再次，法官在认定推定事实时，须同时要求基础事实成立且不存在合理的反驳事实。在基础事实不成立时，不能认定推定事实；存在合理反驳事由时，也不能认定推定事实。
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