依法确定起诉、审判管辖
依照监察法第十六条、第十七条和刑事诉讼法第二十四条至第二十七条规定，监察管辖是按照干部管理权限和属地（包括犯罪地、居住地）管辖相结合的原则确定，而起诉、审判管辖是按照犯罪地为主、居住地为辅的原则确定。对于监察机关立案调查的案件，若被调查人犯罪地或者居住地在本辖区，则本辖区司法机关有权管辖，不需要商请司法机关指定起诉、审判管辖，这种情况较为简单，实践中也最为常见。但若被调查人犯罪地和居住地均不在本辖区，则本辖区司法机关不具有管辖权，依照《意见》第四条、第三十一条第一款等规定，监察机关在移送起诉前需要按程序先行商请司法机关确定起诉、审判管辖，通常按照下列情况办理：
1.上级监察机关指定或者交由下级监察机关进行调查，依法需要指定起诉、审判管辖的案件，应当在移送起诉前由该上级监察机关与同级人民检察院、人民法院协商指定管辖事宜。需要指出的是，这与《公安机关办理刑事案件程序规定》第二十三条规定的上级公安机关指定下级公安机关管辖的案件需要移送起诉的，在上级公安机关将指定管辖决定书抄送其同级人民检察院、人民法院后，由负责立案侦查的公安机关直接移送其同级人民检察院的做法不同。主要原因是职务犯罪案件与普通刑事案件相比具有特殊性，特别是监察管辖与干部监督管理权限相联系，因此仍由上级监察机关商人民检察院、人民法院办理，这也有利于提高监察机关指定管辖案件的办理质量。
2.设区的市级以上监察机关办理的职务犯罪案件及关联案件，需要在本辖区内指定起诉、审判管辖的，一般在移送起诉20日前将商请指定管辖函件送交同级人民检察院，由其商同级人民法院办理指定管辖事宜。具体由监察机关案件审理部门与同级人民检察院职务犯罪检察部门对接。
3.地方监察机关办理的职务犯罪案件及关联案件，需要跨越本辖区指定起诉、审判管辖的，由承办案件的监察机关案件审理部门在移送起诉前与同级人民检察院职务犯罪检察部门协商，由同级人民检察院层报有权决定的人民检察院商同级人民法院办理。
4.被调查人既涉嫌职务犯罪又涉嫌其他犯罪，监察机关与公安机关、人民检察院等机关分别管辖的案件，调查、侦查终结前，监察机关应当与其他办案机关协商，并与同级人民检察院沟通，确定并案审查起诉的人民检察院及相关事宜。
5.国家监委派驻机构、派出机构和中管企业监察机构调查的职务犯罪案件及关联案件，以及交由地方监察机关调查或与地方监察机关联合审查调查的职务犯罪案件及关联案件，依法需要指定起诉、审判管辖的，由国家监委案件审理室会同相关监督检查室与最高人民检察院相关检察厅协商办理指定管辖事宜。
需要指出的是，监察机关案件审理部门商请同级人民检察院职务犯罪检察部门办理指定起诉、审判管辖手续前，应当首先审查立案调查的监察机关对案件有无管辖权，行使管辖权是基于管理权限、属地（包括犯罪地、居住地）管辖抑或对非中共党员、非监察对象的涉案人员从关联管辖角度行使管辖权，或者是被有管辖权的上级监察机关指定管辖；然后再根据被调查人的犯罪地、居住地等情况确定是否需要指定起诉、审判管辖，若犯罪地或者居住地在本辖区，且拟由本辖区人民检察院、人民法院审查起诉、审判的，不需要办理指定起诉、审判管辖事宜；经研究，确需指定起诉、审判管辖的则按程序办理，其中系监察机关与其他机关互涉案件的，监察机关应当与其他办案机关协商，并与同级人民检察院沟通，确定并案审查起诉的人民检察院及相关事宜。
追诉漏罪漏犯方面的衔接
《意见》第五条明确规定了对于指定起诉、审判管辖的职务犯罪案件“追诉漏罪的直接移送原受理移送起诉的人民检察院，追诉漏犯的再次商请指定起诉、审判管辖”的原则。
审查起诉、审判过程中，监察机关拟追诉漏罪的，应当形成《补充起诉意见书》，连同案卷材料、证据一并移送原受理移送起诉的人民检察院，由负责审查起诉的人民检察院补充起诉；拟追诉漏犯的，应当再次商请办理指定起诉、审判管辖事宜后形成《起诉意见书》，连同案卷材料、证据一并移送被指定管辖的同级人民检察院，由负责审查起诉的人民检察院追加起诉或者另行起诉，其中系共同犯罪的通常追加起诉。
关联案件管辖衔接
《意见》第六条从便利诉讼的角度明确了关联案件一般按照随主案确定管辖的衔接原则，即对于共同职务犯罪、行贿犯罪等关联犯罪案件，监察机关移送起诉时一般应当由受理主案的人民检察院、人民法院或者其下级人民检察院、人民法院管辖；主案与关联案件由不同监察机关立案调查的，调查关联案件的监察机关在移送起诉前，应当报告或者通报调查主案的监察机关，由调查主案的监察机关统一协调案件管辖事宜。因特殊原因，关联案件不宜随主案确定管辖的，调查主案的监察机关应当向相关单位及时通报并负责统筹协调；办理主案和关联案件的人民检察院、人民法院共同的上级人民检察院、人民法院应当加强对下指导。
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