第一，如何理解排除合理怀疑与证据确实充分的关系。在这个问题上，存在“一致说”与“差异说”。“一致说”认为排除合理怀疑与证据确实充分是一体两面的关系，分别强调外部关系与内部关系，具有互补作用。全国人大法工委刑法室在解释刑诉法修改时也是采用这样的观点。“差异说”则认为排除合理怀疑并不等于证据确实充分。前者只是后者的必要条件。我原来写文章也持“差异说”的观点。我现在提一个新的说法叫做“多元说”。排除合理怀疑可以分为高端、中端、低端三种标准。高端标准是二者完全相匹配，证据确实充分与排除合理怀疑相互解释；中端标准是排除合理怀疑成立，即心证成立，但是证据充分性有欠缺、印证性不足；低端标准是排除合理怀疑，但有较大的反驳空间。这三种标准能找到一些依据，《刑事诉讼法》解释证据确实充分时规定：“综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。”，这实际上讲的是一个事物的两个方面，证据确实充分的心证标准就是排除合理怀疑。但是《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第72条规定：“认定被告人有罪和被告人从重处罚，适用证据确实，充分的证明标准。”则可能体现两种标准还是有区别。但是我提出的观点是多元性标准，至少是三种，即排除合理怀疑可分为高端、中端、低端三种标准。
第二，推定事实的认定标准，是低端的排除合理怀疑标准。在对待推定问题时，需要区分推定与证明，要严格贯彻无罪推定规则，由控方承担证明责任。首先要慎重对待推定，现在滥用推定的问题非常严重。把运用间接证明事实，即利用推论定案认定为推定是不对的。原因在于：一是证明、推定、司法认知是认定事实三种不同的方式。推定必须和证明相区别。二是对任何人就应该做无罪推定，没有法律根据是不能推定有罪。三是控方承担证明责任，这在《刑事诉讼法》中有明确的规定。这三点是基本的前提，因此必须慎重对待推定。
推定和证明的区别是，前者要适度降低证明标准，同时必然转移证明责任。推定事实达不到证据确实充分的程度，但应当能够达到“排除合理怀疑”。这是一个推翻可能性较大，事实确实性相对较低的标准。推定是一个法律问题，推论是一个事实问题，所以不能用推定来指称推论。推定达不到证据确实充分的标准，是不是要达到排除合理怀疑的程度？也就是推定是用经验法则作基础事实与推定事实之间的搭桥，这个经验法则的基本要求就是达到排除合理怀疑。
第三，孤证事实以及以下两种事实的认定标准，是中端的排除合理怀疑标准。孤证是指某一事实由单一证据证明或基本由单一证据证明。以孤证或基本孤证证明要件事实及犯罪情节，是打破印证模式极端化的需要，也是司法实践的需求。司法实践中孤证适用的场合，一是非要件事实，二是要件事实中某些难以获得印证的事实，尤其是主观事实，三是孤证质量优秀，足以支持事实认定。比如凭鉴定意见认定要件事实，酒驾案件中仪器测量酒精含量事实等。所以凭孤证认定事实很难认为是证据充分，毕竟没有达到充分性在量上的要求，但是可以说必须达到排除合理怀疑，并将其作为证明标准。
第四，关于辩护性事实的认定标准。有利被告的事实，如被告不在犯罪现场，被告不具有某些从重情节，以及非法方法获取的证据排除等等。由于客观条件限制以及被告方取证能力限制，难以达到充分证明此类“积极事实”的程度，也不适用证据确实充分的证明标准。但是应当达到“排除合理怀疑”的心证程度。
第五，关于认罪认罚的轻罪案件的认定标准。对认罪认罚案件适用的证据标准，有不同的意见，主流的意见是不降低证据标准,防止降低证明标准导致降低证据质量。但认罪认罚案件的重要价值就是节约诉讼资源包括证据资源。因此，在实践操作中认罪认罚的轻罪案件证据标准有别于普通程序案件具有实践合理性，也具有法理合理性。但是我认为不能一概而论，所以我提出一个观点就是对认罪认罚的轻罪案件，即可能被判处三年有期徒刑以下的案件，可以适当降低证据标准，可以适用有证据证明犯罪事实，同时应该达到排除合理怀疑的程度。
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